В 1219–1221 территория Казахстана была завоевана монголами во главе с Чингисханом. Преследуя отступавшее на запад племя найманов (так позднее называлось одно из казахских племен), монголы уничтожили государство каракитаев, затем Хорезм, полностью разрушив Отрар. Они покорили также кипчаков. При разделе империи Чингисхана большая часть Казахстана оказалась в составе улуса Джучи (позднее – Золотой орды), а часть – в составе улуса Джагатая (после распада последнего в 14 веке вошла в Моголистан).

       Уже в конце 13 века в Золотой орде выделились улусы: Синяя орда (в Поволжье), Белая орда и улус Шейбана на территории нынешнего Казахстана. Они управлялись потомками внуков Чингисхана – Бату, Орду и Шейбана. В 14 веке тюркские кочевые племена Белой орды и улуса Шейбана получили название узбеков, и в начале 15 века под главенством династии Шейбана возникло объединенное Узбекское ханство, независимое от Золотой орды. Господствующей религией был ислам (к 14–15 векам относится сооружение в городе Туркестан комплекса Ходжи Ахмеда Яссави, который считается религиозной святыней казахов).